Tutto cominciò nell´estate del 1987, quando un gruppo di amici, con il Ds e allora allenatore Fabio Magni e il presidente Michele Belli, fondarono la società sportiva che prese il nome di  ET Prato. Il nome di una pizzeria, come spesso accade quando nasce una nuova squadra. Dopo i primi successi nei tornei locali e nei campionati del CSI arriva il salto nel calcio a 5 targato Figc, dove il Prato brucia le tappe portando a casa una Coppa Italia regionale nel 1991, unica squadra toscana a riuscire nell´impresa, e due Coppa Toscana, 1990 e 1991, seguite da due due promozioni consecutive.
Seguono cinque anni di Serie B, l´ultimo dei quali (96/97) segna la promozione dei lanieri nella massima serie, anche se soltanto grazie ad un ripescaggio, dopo un campionato da record, terminato ad un solo punto dalla Jesina. Nel 1997–98, quindi, il primo anno di serie A. In panchina c´è Alberto Carobbi. In campo, oltre a capitan Treggia, ci sono Fiori, Giustini, Giusti, Andrejic, Busato, Succi, Foglia, Cristoforetti, Magliola, l´unico sempre presente dalla fondazione alla serie A, Santoli, Giambrone, Serra, Coli, Di Giosio e Coccia. Allestita per la prima volta anche la formazione Under 21, affidata a Maurizio Pieri, con i campo tra gli altri Succi, Busato e Giannattasio. La prima stagione di serie A, iniziata con uno storico pareggio a Genzano, si conclude con una tranquilla salvezza e un playoff sfiorato.
L´anno successivo è quello della consacrazione ai massimi livelli nazionali. Alla corte di Carobbi arrivano i fenomeni Andrea Bearzi, dal Milano, e Manuel Moro, dal Torino, oltre al nazionale Gianni Faiola dalla Bnl Roma. E´ l´anno dei derby con il Firenze e della prima finale di coppa Italia, persa contro la Lazio a Roma, e dei quarti di finale scudetto contro il Palermo.
Il 1999–2000 segna la fine dell´era Carobbi, esonerato nel girone di ritorno. La squadra, perso Faiola, si era rinforzata con il portiere Calabria e Nicolini, dal Firenze, Oddo, dalla Bnl Roma, e gli oriundi Moravski, primo brasiliano della storia del Prato, e Ranieri. Nei playoff  la corsa della squadra, affidata alla coppia Andrejic–Bracciali, si ferma ai quarti di finale, ancora contro la Lazio, la squadra con cui nascerà la rivalità sportiva più importante.
Nel 2000–01 la svolta. In panchina arriva Jesus Velasco, tecnico spagnolo reduce dallo scudetto con il Torino e un miracolo alla guida del Padova. Con l´allenatore di Toledo arrivano anche Quattrini, Chilavert e Vicentini. Della vecchia guardia restano Andrejic, Fiori, Busato, Bearzi, Cristoforetti, Moro, Ranieri e Picconi. Al termine di una stagione strepitosa i lanieri chiudono in testa la regular season, ma perdono la finale di coppa Italia contro l´Augusta dell´ex Carobbi e si fermano in semifinale contro la Roma Rcb di Colini e Junior, poi scudettata. Intanto arrivano i primi frutti del lavoro del settore giovanile. L´under 21 allenata dalla vecchia gloria David Santoli conquista il primo titolo regionale. In squadra tanti giocatori che saranno protagonisti negli anni successivi: Giannattasio, Tesi, Apruzzese, Di Lalla, Bernardi.
Il 2001–02 è l´anno del primo scudetto. Velasco aggiusta la squadra. Via Moro, al San Michele, Andrejic, al San Paolo, Picconi, Tesi e Apruzzese, al Bologna dove vinceranno la B. Arrivano il fuoriclasse brasiliano Claudinho, vincintore di tutto con la maglia del Caja Segovia, e il cavallo di ritorno Di Giosio, spazio in prima squadra per Bernardi e Giannattasio, protagonisti nei playoff. A febbraio la vittoria della Coppa Italia, in casa, con il golden gol di Bearzi contro la Bnl Roma. Dopo la regular season dominata, la cavalcata scudetto si completa eliminando Reggio Calabria nei quarti, Lazio in semifinale e Stabiamalfi, nella prima storica finale senza romane. E´ il "double". L´Under 21, guidata in prima persona da Velasco, bissa il titolo regionale, con Di Lauro, Migliacci e Messina che vanno a rinforzare il gruppo dell´anno precedente.
L´anno successivo è quello della conferma e dell´esordio europeo. Dal punto di vista della squadra pochissimi cambiamenti. Via Di Giosio, al San Michele, arriva il bomber dei bomber, Andrea Rubei, il più forte giocatore italiano di tutti i tempi. A settembre arriva la Supercoppa Italiana contro la Bnl. A gennaio, per tentare l´assalto alla Champions, arriva il campione del mondo brasiliano Sandrinho. In coppa Italia il bis sfuma nella ripetizione della finale contro la Lazio, a Pescara, dopo che la prima partita, caso unico nel calcio italiano, fu annullata per le scorrettezze dei laziali. L´avventura nella Uefa Futsal Cup si ferma nella semifinale casalinga contro i pluricampioni d´Europa del Playas de Castellon, dopo aver messo in fila Shakhtar Donetsk e Belgrado. Nulla ferma, invece, la corsa verso lo scudetto, che arriva in finale contro la Lazio. E´ di fatto la fine di un ciclo.
La stagione 2003/04 è quella dell´assalto all´Europa. Velasco decide di lasciar andare via capitan Quattrini, Cristoforetti, Giannattasio, Migliacci, Di Lauro e Di Lalla, che passano al San Michele in A2. Via anche Ranieri e, nel corso della stagione, Sandrinho, che va all´Arzignano, mentre Claudinho torna in Spagna al Saragozza. Dal Brasile arriva il portiere Feller, che per anni sarà il numero uno in Italia, e dalla Spagna il difensore Pellegrini. E poi il pivot Leandro, Mastropierro, Restivo, Corsini e Dino. Arrivano subito la seconda Supercoppa Italiana, contro la Lazio, e la qualificazione alle semifinali di Uefa Futsal Cup. A marzo, nella prima Final Eight di coppa Italia della storia, ecco anche la conquista della coccarda tricolore, contro il Pescara. Sembra il prologo per un grande finale di stagione e invece gli infortuni frenano i biancazzurri. In Coppa Campioni le troppe assenze impediscono di superare il girone di ferro di Lisbona, che vede i biancazzurri opposti a Benfica, Mnk Spalato (con in campo l´ex juventino Jarni) e Charleroi. Nei playoff la corsa si ferma in semifinale contro l´emergente Arzignano degli ex Sandrinho e Ranieri.
Il 2004/05 è l´ultima stagione con Jesus Velasco in panchina e la rivoluzione è ancora più profonda. In estate la società, mantenendo il nome di Prato calcio a 5, si fonde con il San Michele. Partono Bearzi, al Saragozza in Spagna dove sarà il primo italiano a giocare nella Liga, Fiori, Chilavert, Vicentini, Rubei, Pellegrini, Dino, Bernardi e Leandro. La società trattiene Feller, Busato, Restivo e Corsini, attinge a piene mani dallo scomparso San Paolo Pisa, con Schurtz, Strapazzon, Gusso e De Assis, prende il jolly Tilico dall´Augusta e il pivot brasiliano Aladinho. A dicembre, dal Bologna, ingaggiati Honorio, Salles e Salomao. E´ un Prato giovane e bellissimo. L´ultimo capolavoro di Velasco è il secondo posto in regular season, poi l´eliminazione nei quarti contro il Nepi di Colini e dell´ex Rubei.
Il 2005/06 è il tramonto del club biancazzurro ai massimi livelli. La squadra viene affidata a Velimir Andrejic, ex capitano di lunghe battaglie. In uscita soltanto Feller, in entrata Marquinho. La squadra parte bene e conquista la qualificazione alla Final Eight di Coppa Italia, ma a dicembre i problemi economici costringono la società alla cessione di Corsini e Schurtz. Senza i propri leader la squadra sprofonda in classifica e retrocede mestamente in A2.
Per il rilancio, nella stagione 2006/07, la società richiama Pippo Quattrini, come allenatore–giocatore. Vengono ceduti i gioielli Honorio, Salomao, Tilico e Strapazzon. Tornano dopo qualche anno Giannattasio e Bernardi, vengono lanciati i giovani brasiliani Mateus e Vicari e confermati Gusso e De Assis. La squadra viaggia a ritmo di playoff fino a dicembre, quando ulteriori problemi economici portano la società a vendere i quattro brasiliani. Si punta così sugli italiani rimasti e sul ritorno del vecchio leone Giuliano Di Giosio. Non basta e così il Prato retrocede per il secondo anno consecutivo.
L´estate del 2007 è quella della fusione con il Toscana Sport e del primo campionato di serie B. Anni di buoni risultati, con il ritorno dei tanti prodotti del vivaio dopo un lungo girovagare per la Toscana. Il risultato migliore il raggiungimento dei playoff per la A2, centrati per due anni consecutivi: nel 2009/10 e nel 2010/11.